Las Microáreas pueden colaborar en el mantenimiento de espacios en buen estado de conservación. Pero también pueden propiciar la regeneración de espacios litorales degradados. Esta degradación puede manifestarse como pérdida de biodiversidad, sobrepesca, sobrepoblación de erizos diademas, acumulación de basuras y residuos, existencia de artes y aparejos de pesca perdidos (especialmente grave son los plomos para la pesca a caña), pérdida de calidad de las aguas por vertidos, emisarios, intensidad del tráfico marítimo, etc.
La valorización de estos espacios como reclamo turísticos de primer nivel puede hacer que las administraciones se impliquen más directamente en su conservación. Pero también los usuarios, en especial los buceadores, que colaboran activamente en la regeneración de los fondos. Esta es una de las principales características del ecobuceo que se pretende impulsar en las Microáreas: la colaboración activa del buceador en la limpieza y la regeneración.
No hay que olvidar que mientras que en tierra existen infinidad de medios y recursos para la limpieza y la gestión de residuos, en el mar se restringen a acciones puntuales principalmente fruto de la iniciativa de buceadores voluntarios.
